台东观光胜地绿岛，每年涌入数万观光人潮，每日最高排放废水量一千五百多公吨，不过岛上未设置污水处理厂，学者专家担心影响绿岛珊瑚礁。

这一两年绿岛珊瑚礁感染「黑病」，部分学者专家怀疑是绿岛排放废水导致，因此绿岛至今连一个污水处里设施也没有的问题再度受到关切。

绿岛北部的柴口、公馆海域内，遭黑病覆盖的珊瑚礁已达百分之。图中颜色略黑的区块，即为感染黑病海绵的石珊瑚。

负责绿岛珊瑚总体检的中央研究院生物多样性研究中心研究员陈昭伦表示，珊瑚的生长条件需要洁净、贫养、盐度稳度、水浅、阳光充足、温度适宜的海洋环境，且大部分的珊瑚礁都距离岸边很近，因此容易受到人为活动影响。

绿岛珊瑚黑病是否和排放废水有关，还需进一步调查，不过可确定人口密稠处感病的情况最严重。陈昭伦建议绿岛应该迅速设置简易废水处理设施。

旅游局东部海岸国家风景区绿岛管理站表示，绿岛每年的观光人次超过三万，污水处里不容忽视，不过设置大型污水处理厂，可能面临土地征收等问题，缓不济急，最好是绿岛监狱、大型饭店、学校等大单位，可自行先设置雨水、污水处理设备，再进一步处里一般家庭废水。

台东县环保局表示，绿岛单日最高排放的废水是一千五百五吨，离岛建设条例经费规划在绿岛三个村落设置生态型废水处置设施，将净化后的水排入海里；不过最近相关人员又有新的意见，希望将全岛的废水全回收再利用，因此绿岛大型废水处置厂该如何规划，还要进一步评估。