具体来说，流域生态保护补偿不仅包括由国家通过直接财政补贴、财政援助、税收减免、税收返还的形式进行资金、实物补偿，而且还包括国家和地方(包括共享区)在建设项目、技术交流、人员培训等方面的扶持与援助，即技术补偿和智力补偿。

4．补偿基金的筹措   

(1)征收水资源开发使用费。对于在直接开发、占用、利用和使用水资源的单位和个人收缴一定标准的费用，并在其中拿出一定比例的资金作为生态补偿的资金。该部分费用直接来源于水资源的使用价值，而不以是否有人类劳动的凝结或管理投入为转移。其费用的多少，通常根据开发使用的水量、水质以及紧缺程度、所获利益的大小来确定。征收的水资源开发使用费主要用于水源区的生态服务功能的保护和管理，更好地促进中国生态补偿工作的开展。   

(2)完善排污收费制度。在今后的一段时间里，应逐步扩大排污收费的范围，严格执行新的排污收费制度，将各种污染源纳入收费范围内。进一步提高排污收费的标准，以激励企业加大对污染控制方面的投资，降低污染物的排放量。同时，各级财政应加强对排污收费制度的管理，将排污收费金额纳入各级财政预算综合管理，重点用于流域水环境的污染防治、生态补偿，坚持专款专用的原则，提高征收资金的使用效率。   

此外，在征收排污费的同时，应当积极探索征收水资源生态税，从征收的生态税来获取流域生态补偿的基金，以满足国家提供公共物品和服务的能力需要，保证政府履行环保职能的财力需要。   

(3)国家财政投入和地方政府财政配套。政府对于生态补偿主要采用财政转移支付，在政府进行财政补贴、资金投入的过程中，要特别注重补偿的“输血”和“造血”功能的不同，在补偿的实施过程中按照“把握域情，因地制宜”的原则，合理有序地开展一系列的补偿工作。   

建立促进跨行政区的流域水环境保护的专项资金，通过这些资金，应该重点支持流域上游地区的环境污染治理与生态保护恢复，并考虑流域内可能出现的突发性污染事件的赔偿。通过建立中央和地方相统一、相协调的基金保证，是建立流域生态补偿体系的有力保证。   

(4)积极争取国际社会的补偿资金。生态问题已是全球性的问题，整个人类社会是一个统一的整体，因此开展生态补偿工作也应当加强生态建设领域的国际合作，这也必将成为中国生态建设新的发展动力。但是我们也看到世界上生物多样性最丰富、生态分工中占据较高的位势的国家大部分是发展中国家，而全球发达国家经济实力较强，却承担了较少的生态分工。   

目前，发达国家应该通过经济账来还生态账，为他们的生产生活方式和生态分工的优势埋单，已是被人们所认同。对于中国积极争取国际社会的补偿资金便会有很大的发展空间，而现在比较紧迫的问题是在争取国际资金中如何与国际惯例接轨，按照国际惯例办事，这就要求我们必须加强人才培养和制度体系建设，为争取国际支持创造条件。   

5．加快流域生态补偿试点工作的开展  中国不仅河流众多，而且流域面积广，很难在全国范围内同时开展生态补偿工作，而且由于各流域涉及到的社会、经济、环保等方面的情况复杂，因此要选择具有一定条件和基础的地区开展生态补偿试点工作，做到先试点后推广，通过已获得的成功实践经验和模式来指导全国的流域生态补偿工作，从而促进补偿工作健康有序的发展。   

要建立补偿试点，就要充分认识到试点的意义，按照科学发展观的要求，遵循“谁开发、谁保护，谁破坏、谁恢复，谁受益、谁补偿，谁污染、谁付费”的原则，因地制宜，积极创新的加快重点流域的生态补偿工作。   

总的来说，要建立流域生态补偿机制，实施中央及下游受益区对流域上游地区的补偿机制，应该积极推进流域地区协作，采取资金、技术援助和经贸合作等一系列措施，加大流域生态保护的力度，理顺流域上下游间的生态关系和利益关系，加快上游地区经济社会发展并有效保护流域上游的生态环境，从而使整个流域的社会经济实现可持续发展。