由于工业污染导致水质下降，水资源不足的问题进一步恶化。在2007年10月召开的“第三届环境与发展中国论坛”上，中国环境规划院总工程师王金南透露，中国将投入2565亿元人民币(约合342亿美元)加大对海河、淮河、辽河、黄河中上游等11个流域的水污染防治。

王金南介绍说，重点防治流域涉及中国31个省、市、自治区中的23个，总面积约275万平方公里，水资源总量8128.7亿立方米，总人口约7.88亿。重点治理工程被确定三类，分别为工业污染治理工程、城镇污水处理工程和区域污染防治工程。如果再考虑到治理工程的正常运行和维护所需的费用，这11条河流的水污染治理资金总需求将高达4000到4500亿元。

据统计，2006年，中国政府制定的水污染治理预算约占全年GDP总值(20万亿元)的2%。根据中国国务院印发的一份白皮书显示，从1996到2004年，中国在污染控制方面的投入累计9520亿元，仅占同期GDP总量的1%。

周生贤指出，做好新形势下的河流污染防治工作，首先要明确目标。从长远来看，就是要恢复河流山青水秀的自然面貌，维护流域生态系统良性循环，确保全流域江河安澜。

近期目标是到2008年年底前，重要饮用水水源地主要指标达标率达到100%。2010年年底前，跨省界断面水环境质量有所改善，达到规划目标要求，城镇污水处理率达到70%，主要水污染物COD排放总量比2005年削减10%以上，水环境监管及水污染预警和应急处置能力得到增强。

措施

中国人民大学环境学院常务副院长马中表示，水污染问题不是自然原因，而是人为原因、社会原因、经济发展共同作用的结果。

水污染防治对于中央政府和地方各级政府而言都是一项艰巨的任务。在黄河、淮河流域一带的省份地区，由于当地经济落后，所以控制污染将会给地方政府带来巨大的财政压力。而较为发达的东部沿海地区所面临的问题则是，如何协调环境质量和经济增长的关系。在个别地方，一味追求GDP的快速增长已经成为了环境污染的思想源头。例如，在太湖暴发蓝藻的3个月后，江苏省政府只能强制关闭沿河流域1000多家化学工厂。

东部浙江省温州市平阳县辖下的水头镇被誉为中国的“皮都”。在这块36.3平方公里的土地上挤满了10万人口，其中3万人主要从事皮革业，这里约有1200家小型皮革厂,对当地的水质和空气造成了严重的污染。公众压力迫使平阳县政府开始严肃处理污染治理问题。于是，政府将1200多家皮革加工厂整改重组成了39个大型的工厂。由于缩减皮革加工业的规模将使县财政收入减少1.5亿元.县政府目前积极鼓励当地发展其他一些不污染环境的高附加值产业。

全国政协委员、华中科技大学教授姚凯伦指出，频频发生在江河流域的“跨界污染”和现行的行政分割体制间不协调，是造成中国水环境质量总体恶化的主要因素之一。水资源是连续性的，而目前水资源实施的是行政区管理，两者之间的断裂势必造成诸多矛盾，限制了增加协调合作治理污染难度，以至于跨界水污染问题成为难治之症。

正是基于这种情况，江苏省出台了新规定：如果太湖下游的水质下降，太湖上游的城市必须给予下游地区赔偿。此外，江苏省还和邻近的山东、安徽、浙江等省份签订了共同防治河流污染问题的协议。按照区域生态补偿机制，如果上游地区发生了突发性环境污染事件，下游地区有权要求责任地区关闭污染源企业并向责任地区提出生态补偿要求。

周生贤指出，中国政府高度重视水污染防治，将其作为可持续发展战略的重点任务，做出了一系列重要部署。近年来，结合产业结构调整，中国依法关闭、淘汰了一批技术落后、浪费资源、污染严重的小企业，积极推行清洁生产，大力削减水污染负荷，加快城市污水处理厂建设步伐。在工业化、城市化快速发展的情况下，基本保证了城镇供水安全，水环境质量总体保持稳定。